Am 30. April 1899 wird die Unitas Marburg unter dem Namen "Unitas Marburg" mit den Farben gold-weiß-blau begründet. Die Verbandsfarben blau-weiß-gold können nicht verwendet werden, da bereits eine andere Korporation vor Ort diese Farben trägt.

1927 gründet sich der "Hausverein Unitas Marburg" und im April 1929 wird das erste Haus in der Schwanallee 43 gekauft. Durch die Gleichschaltung Hitlers wird jedoch das Vereinsleben zunehmend erschwert, sodass das Haus schließlich 1935 an den Bürgen zurückgegeben werden muss. 1938 werden die Aktivitas, der Altherrenverein und der Hausverein verboten und aufgelöst; die Unitas Marburg lebte im privaten Freundeskreis weiter.

Am 50. Jahrestag der Gründung der Unitas Marburg, dem 30. April 1949, wird die Unitas in Marburg wiederbegründet.

1955 erfolgt die Umbennung der "Unitas Marburg" in "Unitas Franko-Saxonia zu Marburg" zum Gedenken an den gleichnamigen, zwangsaufgelösten Unitas-Verein in Prag. Gegen Ende der 1950er Jahre schießen die Mitgliederzahlen derart in die Höhe, dass schließlich 1962 ein zweiter Unitas-Verein in Marburg gegründet wird, die Unitas Ottonia zu Marburg. 1965 wird das jetzige Unitas-Haus in der Sybelstraße 1 erworben. 

Ein Jahr darauf erfolgt die Wiedervereinigung der beiden Vereine unter dem Namen Unitas Franko-Saxonia.

Im Laufe der "68er-Revolution" sinken die Mitgliederzahlen der Unitas Marburg, sodass bald der Aktivenbetrieb nicht mehr aufrecht erhalten werden kann und sich die Franko-Saxonia suspendieren muss. Der aktive Betrieb ruht für die Dauer von 6 Jahren, bis 1979/80 die Wiederbegründung erfolgt.

Nachdem  der W.K.St.V. Unitas Franko-Saxonia zu Marburg  1991 auf der 114. Generalversammlung den Antrag auf Assoziierung von Frauenvereinen gestellt hatte, beschloss der Verband, sich auch für Studentinnenvereine zu öffnen. Zunächst sollte auf die Dauer von fünf Jahren ein Assoziierungsverhältnis mit eventuell zu gründenden Vereinen bestehen. Am 18. Januar 1992 wird in Marburg die Elisabetha Thuringia, als erster Studentinnenverein im UV, gegründet .Weitere Gründungen folgten in Bonn, Gießen, Heidelberg, Köln, Mainz und Essen. 

1996 wurde auf der Generalversammlung in Darmstadt die Vollintegration der Frauenvereine beschlossen und nachdem in den darauf folgenden Jahren einige juristische Streitigkeiten über diesen Beschluss beseitigt werden mussten, wurde im Herbst 1999 diese Satzungsänderung im Registergericht zu Bonn eingetragen, so dass die Studentinnenvereine im Verband nunmehr vollberechtigte Mitglieder sind.